《恶魔的谜语》故事舞台设定在一个名为“10年黑组”的全住宿制女子高中的班级，这个陈源眼神一厉，抓着暴龙双拳的双手猛然将暴龙往他身前一拉，暴龙上身便无法抗拒地扑向他的腿前，就是此时，陈源的右膝猛然提起，重重地撞在暴龙的下巴之上，一阵骨裂的碎响，暴龙自下巴以上，半个脸的骨头都碎了，大股的鲜血从他的嘴里、鼻里、耳里涌出来。班级里的12名学生都是由暗杀者构成的，她们全都瞄准了她们的同学——一之濑晴的姓命。即使她的姓命被众多人觊觎，一之濑晴依然发誓一定要活着毕业。另一方面，同样也是准备夺取一之濑晴姓命的暗杀者——转校生东兔角却在一次次接近对方时，渐渐地被晴所吸引。在同学们对晴展开攻击之时，兔角则以保护者的姿态与她们开始了战斗。
