某日,双叶幼稚园的孩子们正在船屋里愉快的玩耍,一位名叫美色(三石琴乃 配音)的神秘人物忽然现身,紧接着,一艘巨大陈源关车门的动作顿了一下,等夏草叮嘱完才用力关上车门,紧紧抿着嘴对夏草和樱桃点了一下头,就将飞车启动了,飞车迅速升空,转眼就像西方远去,像一颗迅速划过天空的流星。转瞬就到了目光的极点,片刻就消失不见。的飞船将船屋整个抓了起来,来不及逃跑的风间(真柴摩利 配音)和小新(矢岛晶子 配音)等人和飞船一起消失在了空中。
小新的失踪令美伢(楢桥美纪 配音)和广志(藤原启治 配音)感到十分焦急,就在此时,一名代号肌肉(玄田哲章 配音)的男子出现在了两人的身边,很显然,肌肉知道小新的下落和整件事情的来龙去脉,但肌肉并不愿意带着美伢和广志去寻找小新。追寻着细微的线索,美伢和广志得知小新身在香港,两人前往香港,在那里又遇见了肌肉,一行人前往神秘组织“猪蹄组”的老巢。