陈源关车门的动作顿了一下，等夏草叮嘱完才用力关上车门，紧紧抿着嘴对夏草和樱桃点了一下头，就将飞车启动了，飞车迅速升空，转眼就像西方远去，像一颗迅速划过天空的流星。转瞬就到了目光的极点，片刻就消失不见。千年一次的彗星之夜里，愿望将会实现…… 立志成为出色的神奇宝贝训练师的小智、小遥和小胜，带着皮卡丘展开了新的旅程。为了观看千年彗星出现的刹那，来到恩斯游乐场，并认识魔术师巴特勒与戴安。在魔术表演中，小胜听到一阵细微的呼唤声… 那是在〝沉眠之茧〞中沉睡了千年，可帮助人类达成愿望的神奇宝贝——基拉祈。在千年彗星出现的夜晚，如果遇到拥有纯真心灵的伙伴便会苏醒。为了让基拉祈醒来，巴特勒请小胜当基拉祈的伙伴，果然，基拉祈从万花镜般的光芒中苏醒过来..
